貨號 YJ00012: 外泌體蛋白質(zhì)組學
一、服務簡介：
外泌體蛋白質(zhì)組學研究，就是對來自不同外泌體中的蛋白質(zhì)進行整體水平上的研究，有利于揭示外泌體的功能、篩選藥物靶標以及尋找生物標志物等，在臨床應用上具有重要意義。越來越多的研究表明，一些宿主或腫瘤細胞分泌的外泌體與腫瘤的發(fā)生、生長以及轉(zhuǎn)移等過程密切相關。因此，外泌體蛋白質(zhì)組學研究在疾病的臨床診斷、療效評價和預后追蹤等方面具有重要作用。
二、服務平臺儀器：
儀器名稱 | 品牌貨號 | 特征 | 功能作用 |
超高速離心機 | 貝克曼Optima XPN | 最大離心力802000g | 超高速離心提取 |
納米粒子分析儀 | 馬爾文NS300 | 粒徑檢測范圍10-2000nm | 粒徑分布和濃度 |
透射電鏡儀 | 賽默飛Tecnai G2 | 觀察微結(jié)構(gòu) | 拍攝外泌體形態(tài) |
熒光顯微鏡 | 奧林巴斯 | 熒光和白光 | 外泌體細胞示蹤 |
細胞培養(yǎng)箱 | 賽默飛 3111 | CO2培養(yǎng)箱 | 細胞培養(yǎng) |
腦立體定位注射儀 | 眾實 | 腦立體定位注射外泌體 | 定位注射外泌體 |
小動物活體成像儀 | Cliper IVIS lumina II | 波長范圍：400-900nm | 外泌體活體示蹤 |
動物房 | 國產(chǎn)品牌 | SPF級別 | 動物飼養(yǎng) |
astral-DIA分析儀器 | Orbitrap Astral | 二級碎片離子定量 | 鑒定外泌體蛋白 |
三、服務流程：
外泌體的分離純化和表征。
利用質(zhì)譜的技術鑒定外泌體蛋白的組成。
外泌體蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析。
四、樣本要求：
血清樣本： 5ml，最低2ml （全血10ml)；
血漿樣本： 5ml，最低2ml （全血 8-10ml)；
無血清培養(yǎng)細胞上清：50ml；
其他如尿液、卵泡液、精液、分離好的外泌體、提好的總RNA等的樣本要求請詳詢工作人員。
運輸條件：客戶郵寄標本需使用干冰運輸，請?zhí)崆案句N售聯(lián)系并告知快遞單號。也可聯(lián)系公司銷售員去上門取樣品。
五、外泌體蛋白質(zhì)組學科普知識：
外泌體蛋白質(zhì)組學的研究離不開對外泌體分離純化、外泌體鑒定、采用的蛋白質(zhì)組學策略。
外泌體常見的蛋白質(zhì)組學方法：外泌體的蛋白質(zhì)組學鑒定基本和常規(guī)蛋白質(zhì)組鑒定方法一致，都是基于（bottom up）自下而上的模式，即首先將蛋白酶解成肽段，然后利用液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜技術分析肽段混合物，最后通過數(shù)據(jù)庫檢索實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定。 基于質(zhì)譜的的外泌體蛋白質(zhì)組學可以按照是否有同位素標記非為非標記定量蛋白質(zhì)組學和穩(wěn)定的同位素標記的蛋白質(zhì)組學。
1.非標記定量蛋白質(zhì)組學技術
非標記定量的蛋白質(zhì)組學技術研究外泌體可以分為4個步驟：1）分離純化外泌體 2）外泌體的裂解、蛋白提取和溶液酶解3）肽段的預分離和色譜質(zhì)譜技術分析4）數(shù)據(jù)分析、蛋白鑒定定量和數(shù)據(jù)統(tǒng)計。非標記定量的蛋白質(zhì)組學技術是一種基于肽段圖譜計數(shù)的方法，以肽段被質(zhì)譜檢測到的次數(shù)肽段二級圖譜匹配的數(shù)目作為定量的依據(jù)，在質(zhì)譜的依賴數(shù)據(jù)采集的模式下，豐度更高的肽段被質(zhì)譜選擇進行碎裂的頻率也就越高，基于圖譜技術的非標定量蛋白質(zhì)組學技術是研究外泌體最廣泛的技術，當然還可以比較不同樣品中蛋白酶解的肽段的色譜峰面積或者質(zhì)譜離子信號強度進行相對定量，這種方法也常用于外泌體蛋白質(zhì)組學的研究。
2.穩(wěn)定同位素標記定量蛋白質(zhì)組學技術
在EVs的研究中，最常用的穩(wěn)定的同位素標記技術就是SILAC、iTRAQ、TMT, SILAC技術主要用于培養(yǎng)細胞的外泌體蛋白質(zhì)組學的分析.
3. DIA定量蛋白質(zhì)組學
數(shù)據(jù)非依賴性采集 (Data independent acquisition，DIA)：采用 DIA 模式對每一例實驗樣本進行檢測。 DIA在設置的掃描窗口內(nèi)全部母離子都可以進入二級碎裂（因此，可重現(xiàn)性高），能夠獲取更多的譜圖信息，最終鑒定的蛋白種類依賴于建庫數(shù)據(jù)。
DIA的數(shù)據(jù)采集模式比常規(guī)非標定量DDA模式，有更少的缺失值，數(shù)據(jù)記錄更為完整，重復性大幅度提高；DIA定量方式由一級質(zhì)譜信號定量升級為由每個肽段通過二級質(zhì)譜峰面積信號進行定量， 定量信息更為全面，DIA定量準確性更高。
